در سال 1368، پایان دولت چپ‌گرای میرحسین موسوی هم‌زمان گردید با خروج طیفی از مدیران رادیکال چپ‌گرا از سمت‌های مدیریتی که در این میان اسامی افرادی همچون بهزاد نبوی (وزیر وقت صنایع سنگین)، محمد موسوی‌خوئینی‌ها (دادستان کل کشور)، عباس عبدی، سعید حجاریان (معروف به مظفری، معاون وزیر وقت اطلاعات) و برخی دیگر به چشم می‌خورد. این طیف پس از خروج از پست‌های اجرایی، در مرکزی به نام «مرکز تحقیقات استراتژیک»، وابسته به نهاد ریاست‌جمهوری، دوباره گرد هم آمدند.


گفته می‌شد که رئیس‌جمهور وقت برای کنترل منتقدان جدی خود (که عمدتاً از جناح چپ رادیکال بودند) این مرکز را تأسیس می‌کند تا به‌نوعی این طیف زیر نظر دولت مشغول مباحثات تئوریک شوند و کاری به کار دولت وقت و سیاست‌های اقتصادی آن نداشته باشند.

هاشمی خود این‌گونه تأسیس این مرکز را روایت می‌کند: «وقتی مسئول ریاست‌جمهوری شدم، فکر کردم جای مرکز تحقیقات راهبردی در کشور خالی است، چون برای حکومت اسلامی و نظام‌مان نیازمند تحقیقات راهبردی بودیم. پس خیلی زود این مؤسسه تشکیل شد. به‌طور معمول، وقتی دولتی عوض می‌شود، عده‌ای از کار کنار می‌روند که دارای تجربه و سابقه هستند، اما تجربه‌شان به درد آینده می‌خورد. پس باید از آن‌ها بهره گرفت و این موضوع یکی از دلایل تشکیل مرکز تحقیقات بود و دلیل دیگر تأسیس این مرکز، وجود مکانی بود که کارهای تحقیقاتی بنیادین در آن انجام شود.»در آغاز کار سید محمد موسوی‌خوئینی‌ها، که سوابقی همچون دادستانی کل کشور، نمایندگی امام در دانشجویان پیرو خط امام و… داشت، از سوی هاشمی رفسنجانی به ریاست این مرکز منصوب شد. با انتخاب وی برخی از عناصر کلیدی طیف چپ، که عموماً سمتی در نظام سیاسی نداشتند، در معاونت‌های مختلف این مرکز گرد هم آمدند؛ نام‌هایی که بعد از دوم خرداد بیشتر در فضای سیاسی شنیده می‌شد. سعید حجاریان (معاون سیاسی)، عباس عبدی (معاون اجتماعی)، محسن کدیور (معاون اندیشه)، هاشم آقاجری، علیرضا علوی‌تبار، مجید محمدی، مصطفی تاج‌زاده، بهزاد نبوی، محسن سازگارا، محمد امین‌زاده و محسن آرمین از جملۀ این افراد بودند. برخی از این افراد از جمله عباس عبدی، در گذشته با خوئینی‌ها همکاری می‌کردند. عبدی هنگام دادستانی موسوی‌خوئینی‌ها، واحد مطالعات و تحقیقات دادستانی را راه‌اندازی و اداره کرده بود.


شاخص‌ترین پروژۀ این مرکز، پروژۀ توسعۀ سیاسی بود که البته ماهیت آن چیزی جز ترجمان پروژۀ «لیبرالیزاسیون جامعۀ ایرانی» نبود. حجاریان در مرکز تحقیقات استراتژیک، برنامه‌ریزی کلانی برای مطالعۀ توسعۀ سیاسی در ایران پایه‌ریزی کرد که برخی تحقیقات و نتایج مطالعاتشان در هفته‌نامۀ «عصر ما» و روزنامۀ «سلام» منتشر ‌شد.
حجاریان می‌گوید: «از سال 1368 که مرکز تحقیقات استراتژیک ریاست‌جمهوری راه افتاد، من در معاونت سیاسی این مرکز همین پروژۀ کاری را دنبال می‌کردم. معاونت سیاسی مرکز تحقیقات استراتژیک یک پروژه بیشتر نداشت و آن‌هم پروژۀ توسعۀ سیاسی بود. البته این پروژه چندین زیرپروژه داشت؛ نظیر فرهنگ سیاسی و رفتار سیاسی اقشار مختلف ایران، پروژۀ تحلیل چرایی انقلاب اسلامی با هدف تئوریزه کردن انقلاب، پروژۀ ماهیت دولت در ایران، پروژۀ نوسازی ایران…»
پروژۀ توسعۀ سیاسی به‌ظاهر برای بقای نظام و سازش آن با جهان سرمایه‌داری راه‌اندازی شده بود. نتیجه‌ای که آن‌ها طی تحقیقات مختلف گرفته بودند این بود که توسعۀ سیاسی در ایران در مرحلۀ اول، نیازمند ایجاد برخی تغییرات در ساختار سیاسی کشور است و در مرحلۀ بعد، باید فرهنگ سیاسی ایران متناسب با فرهنگ یک جامعۀ توسعه‌یافته تغییر کند.
سعید حجاریان، در گفت‌وگو با نشریۀ دوماهنامۀ «اندیشه پویا»، می‌گوید در دورۀ دوم ریاست‌جمهوری اکبر هاشمی رفسنجانی، مجمع روحانیون مبارز با او «مشکل پیدا کرده بود. در دور دوم، مجمع از [نامزدی] آقای هاشمی رفسنجانی دفاع کرد، اما آقای هاشمی گفت مجمع اگر از من دفاع نمی‌کرد، به زباله‌دان رفته و مجبور بودند از من حمایت کنند. آقای هاشمی مجمع را مسخره می‌کرد.»
حجاریان در ادامه می‌گوید: «پس‌ از این، محمد موسوی‌خوئینی‌ها بیشتر وقت خود را در روزنامۀ سلام سپری می‌کرد و رئیس‌جمهور وقت هم ریاست مرکز تحقیقات را به حسن روحانی داد، اما من و بهزاد نبوی تا دوم خرداد در مرکز تحقیقات بودیم. ما می‌گفتیم که باید با هاشمی کار کرد و نباید او را رها کرد. احساس می‌کردم که هاشمی کم‌کم به ما و توسعۀ سیاسی می‌رسد. من روزها در مرکز تحقیقات بودم و عصرها می‌رفتم [روزنامۀ] سلام و [هفته‌نامۀ] عصر ما [ارگان مطبوعاتی سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی].»
هفته‌نامۀ «آسمان» دو روایت در این‌باره مطرح می‌کند: «به گفتۀ سعید حجاریان، دلیل استعفای موسوی‌خوئینی‌ها تیره شدن رابطۀ مجمع روحانیون مبارز با هاشمی بعد از انتخابات دور دوم ریاست‌جمهوری او بود که هاشمی حمایت مجمع را در رأی‌آوری خود بی‌اثر خوانده بود، اما این تاریخ به ‌نظر اشتباه می‌آید. در واقع، موسوی‌خوئینی‌ها بعد از دو سال و احتمالاً بعد از شکست چپ در انتخابات مجلس چهارم، از ریاست مرکز کناره‌گیری می‌کند.»
علیرضا علوی‌تبار در گفت‌وگو با روزنامۀ اعتماد از تأثیر این تغییر مدیریتی بر تغییر رویکرد و برنامه مرکز چنین می‌گوید: «دوران ریاست خوئینی‌ها از افرادی با دید باز برای حضور در این مرکز دعوت شد و چون کار عاجلی نیز نداشته و قرار بر پاسخگویی به سؤالات روزمره نبود، امکان انجام برخی پروژه‌ها و تحقیقات فراهم شد. این کار چندان دوامی نیافته و با استعفای آیت‌الله موسوی‌خوئینی‌ها و حضور دکتر حسن روحانی در مقام این مرکز، وی تمام پروژه‌هایی را که از نظر خود نامتعارف می‌دید متوقف کرد.»
در حقیقت به روایت علوی‌تبار، نقطۀ افتراق میان دولت وقت و جریان حاکم بر مرکز تحقیقات استراتژیک، بر سر تقدم و تأخر توسعۀ سیاسی و توسعۀ اقتصادی بود: «در مرکز تحقیقات استراتژیک بخش عمده‌ای از وقت ما صرف پاسخ به این سؤال می‌شد که ایران از چه مشکلاتی رنج می‌برد. در واقع شناخت مسائل ایران در دستورکار قرار داشت. برای شناخت این مسائل نیز طبعاً احتیاج به یک زاویۀ نگاه وجود داشت. پس از مدتی همۀ ما به این نتیجه رسیدیم که باید از زاویۀ توسعۀ همه‌جانبه به مسائل ایران نگریسته و توسعه تنها به توسعۀ اقتصادی خلاصه و محدود نشود و توسعۀ فرهنگی، توسعۀ سیاسی و توسعۀ اجتماعی نیز در نظر گرفته شود. در این راستا، نوعی تقسیم‌کار صورت گرفته و هر معاونت به آسیب‌شناسی وضعیت موجود از زاویۀ یکی از این ابعاد توسعه پرداخته بود. معاونت اندیشۀ اسلامی نیز همین کار را در حوزۀ آسیب‌شناسی آن انجام داده که دکتر کدیور در شهر قم مسئولیت آن را برعهده داشتند. این‌ها معاونت‌های دورۀ ریاست آقای خوئینی‌ها بوده و پس از حضور آقای روحانی در مرکز، فعالیت آن‌ها نیز متوقف شد. نه از نظر صوری، بلکه از نظر محتوایی و جریان و برنامه‌ریزان، همه‌چیز تغییر کرد.»
مجید محمدی، از عناصر سکولار تجدیدنظرطلب که در آن روزها با مرکز همکاری داشت، می‌گوید: «با تأسیس روزنامۀ سلام در واقع فاز جدیدی از فعالیت سیاسی چپ‌ها آغاز شد. روزنامۀ سلام در یکی دو سال اول فعالیتش کاملاً متمرکز بود بر سیاست‌های دولت هاشمی و نقدهای جدی بر سیاست‌های دولت هاشمی وارد می‌کرد. همین باعث شد که شکاف جدی… میان هاشمی و موسوی‌خوئینی‌ها هر روز بیشتر و بیشتر شود. بعد هم عباس عبدی که معاون اجتماعی مرکز [تحقیقات استراتژیک] بود، یکی از کارهایی که انجام می‌داد این بود که در روزنامۀ سلام مرتب نقدهای اقتصادی بر رفتارهای دولت هاشمی می‌نوشت. طبعاً این‌ها مایۀ جدایی بیشتر خوئینی‌ها از رفسنجانی شد و در نهایت به رفتن موسوی‌خوئینی‌ها از مرکز انجامید. اما دورۀ گذار از موسوی‌خوئینی‌ها به روحانی… آقای روحانی کاملاً مورد اعتماد هاشمی بود. هنوز هم اگر سیاست‌های روحانی را در نظر بگیریم یا افرادی که با روحانی کار می‌کنند، کاملاً در قدوقامت رفسنجانی قرار می‌گیرند و همان سیاست‌های هاشمی رفسنجانی را دنبال کرده و می‌کنند. در دورۀ گذار بسیاری از افرادی که جهت‌گیری سیاسی مشخصی داشتند به نفع جناح چپ، این‌ها یک‌به‌یک از مرکز رفتند. چون نمی‌توانستند با آقای روحانی کار کنند. کسان دیگری مثل من با استفاده از تساهلی که در مرکز [تحقیقات استراتژیک] بود، در آنجا فعالیت می‌کردند. در سال 68 همۀ دوستان می‌دانستند و خودم هم اعلام کرده بودم که دیگر یک فرد مذهبی نیستم و احکام شرعی را آن‌طور که بقیۀ دوستان به‌جا می‌آوردند، به‌جا نمی‌آوردم. آقای حجاریان می‌دانستند. آقای عبدی هم همین‌طور. همه می‌دانستند که من فرد مذهبی نیستم، اما نوعی تساهل در رفتار مرکز تحقیقات استراتژیک برقرار بود. فردی مثل من یا دیگر دانشگاهیانی که افراد سکولار بودند، حالا من نمی‌دانم مذهبی بودند یا نبودند، اما می‌دانم که سکولار بودند و با مذهبی‌ها همکاری داشتند، بعد از رفتن آقای خوئینی‌ها و آمدن آقای روحانی، این افراد سکولار هم دیدند که دیگر فضا برای آن‌ها مساعد نیست… بعد از رفتن آقای عبدی، آقای مهاجرانی آنجا شد معاون فرهنگی-اجتماعی و مدیرمسئول مجلۀ راهبرد هم بود… تصوری که در دورۀ خاتمی ما از مهاجرانی داریم فردی است متساهل، اما در آن دوره آقای مهاجرانی به‌شدت بسته عمل می‌کرد، چون می‌خواستند به حکومت نشان بدهند که افرادی هستند که کاملاً در چارچوب نظام دارند عمل می‌کنند. به همین جهت عذر مرا خواستند… دیگرانی هم که بودند نتوانستند در آن مجموعه فعالیت کنند. آقای مهاجرانی حتی کسانی را که قبلاً با مرکز همکاری داشتند و مطالبی داشتند، مطالبشان را بدون اسم در مجله راهبرد می‌گذاشتند. یکی‌اش مطلب خود من بود که بدون اسم در مجلۀ راهبرد منتشر شد که بعداً هم موجب مشاجراتی بین خود من و آقای مهاجرانی شد. مهاجرانی و دیگر مدیرانی که در دورۀ آقای روحانی آمدند، بالأخص در چند سال اول، به‌شدت بسته عمل می‌کردند. چون می‌خواستند اعتماد مجموعۀ حکومت را جلب کنند…»
واقعیت آن بود که آقای روحانی از نظر فکری در قرابت بالایی با آقای هاشمی قرار داشت و شاید ورود او به مرکز نیز با هدف همسو کردن مرکز با سیاست‌های کلی دولت سازندگی بود. سابقۀ همکاری روحانی با هاشمی به سال‌های آغازین انقلاب اسلامی بازمی‌گردد. آن‌گاه ‌که هاشمی رئیس مجلس و روحانی یکی از نمایندگان فعالی بود که در موضوعات مرتبط با صداوسیما، سیاست خارجی و جنگ فعالیت می‌کرد و همین زمینۀ فعالیت، موجبات همکاری بیشتر روحانی و هاشمی را در قرارگاه خاتم‌الأنبیا(ص) و بعدها ستاد کل نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران فراهم ‌آورد.
یکی از جلوه‌های نگاه مشترک و هم‌افقی این دو را باید در ماجرای پایان جنگ تحمیلی نگریست. در سال 1364، چند تن از نمایندگان مجلس شورای اسلامی تحت‌عنوان «مجمع عقلا» بحث‌های جدیدی را در مورد برقراری آتش‌بس انجام می‌دادند و ظاهراً آقای حسن روحانی نیز در این رابطه فعالیت‌هایی داشته که به دستور امام خمینی (ره) جلسات مذکور تعطیل می‌شود.
آقای هاشمی با اشاره به همین مطلب می‌گوید: «دو عامل اساسی وجود داشت که تصمیم مناسبی برای پایان دادن به جنگ گرفته نشد. یکی سپاه بود که طرح پایان دادن به جنگ از نظر سپاه چیزی شبیه کفر بود. مسئلۀ بعدی امام بود که لحظه‌ای اجازه نمی‌داد دربارۀ ختم جنگ بحث کنیم. در مجلس هم عده‌ای بودند به نام مجمع عقلا و آقای حسن روحانی [که برای پایان دادن به جنگ فعالیت می‌کردند] که امام آن‌ها را سر جایشان نشاند.»
برای شناخت بهتر دیدگاه‌های آقای حسن روحانی (مسئول پدافند کشور در زمان جنگ) نیز یادداشت مورخ 5 تیر 67 آقای هاشمی را با هم می‌خوانیم: «با دکتر [حسن] روحانی دربارۀ شرایط جاری و حاکم و راهکارها، در طول روز مذاکراتی کردیم. آقای روحانی به ادامۀ جنگ اعتقادی ندارد و تأکید بر ختم آن دارد.» آقای روحانی در جایی اظهار می‌دارد که بعد از عملیات فاو (در سال 64)، زمان مناسبی برای پایان دادن به جنگ بود.
در ادامه رقابتی میان آقایان محسن رضایی و حسن روحانی نیز شکل می‌گیرد. آقای هاشمی در یادداشت 27 فروردین 65 می‌نویسد: «با دکتر روحانی و محسن رضایی دربارۀ تشکیل ستاد جدید برای آقای رضایی به‌عنوان جانشین من صحبت شد و منتفی گردید. آقای روحانی بازهم با جانشینی ایشان مخالفت کرد.» چند روز بعد، «شنبه 30 فروردین 65، آقای دکتر روحانی تلفن کرد. از ادامۀ جانشینی آقای رضایی راضی نیست و با رفیق‌دوست برخورد تلخی داشته است.» «سه‌شنبه 16 اردیبهشت 65، بعد از جلسۀ مجلس، آقای دکتر روحانی آمد و راجع‌به جنگ و مشکل ارتش و سپاه و مهندسی رزمی بحث شد. آقای روحانی نگران توسعه‌طلبی سپاه است.»
مجمع عقلا که با محوریت آقای روحانی شکل‌گرفته بود، علی‌رغم تذکر امام (ره) در سال 64، از فعالیت‌های خود در مجلس دست برنمی‌دارد؛ تا اینکه محسن رضایی در خرداد 1365 طی نامه‌ای به امام خمینی (ره)، گزارش این اقدامات را می‌دهد. امام خمینی آقای هاشمی را احضار کرده و از وی توضیح می‌خواهند. هاشمی رفسنجانی در یادداشت مورخ 10 خرداد 1365 خود، ماجرا را چنین بیان می‌کند: «امام فرمودند طبق گزارش فرمانده سپاه، در جلسه‌ای جمعی از نمایندگان، صحبت از مشکلات جنگ کرده و ختم جنگ را مطرح نموده‌اند. از من خواستند که به آن‌ها بگویم ما باید تا آخرین فرد با صدام بجنگیم و صحبت از صلح نکنند.»
آقایان هاشمی و روحانی سیاست عدم موافقت با بسیج همه‌جانبۀ امکانات کشور در جنگ را همچنان تا پایان جنگ ادامه می‌دهند. ایشان در یادداشت 26 خرداد 1367 خود می‌نویسد: «دربارۀ راهکارهای ممکن برای آیندۀ جنگ فکر کردم و سپس با دکتر روحانی در میان گذاشتم: یا بسیج عمومی برای جنگ یا پذیرش صلح. راه دیگری به نظرمان نمی‌رسد… ساعت شش آقایان خامنه‌ای و نخست‌وزیر و احمدآقا به منزل آمدند. وضع جبهه‌ها را گفتم و پیشنهاد کردم یا امکانات کشور را برای یکسره کردن جنگ بسیج کنیم یا جنگ را تمام کنیم. قرار شد من و آقای رئیس‌جمهور این مطلب را خدمت امام مطرح کنیم؛ با توضیح اینکه دادن امکانات مورد نیاز به جنگ، کشور را در ریاضتی شدید قرار می‌دهد که عواقب بدی خواهد داشت.»
آقای هاشمی در یادداشت 31 خرداد 67 خود می‌نویسد: «با دکتر [حسن] روحانی دربارۀ کیفیت ختم جنگ یا کیفیت جنگیدن با بسیج امکانات، بحث طولانی داشتیم.»
حسن روحانی نیز در مصاحبه‌ای می‌گوید: «شرایط ما به‌گونه‌ای بود که در اواسط تیرماه 1367 به مرحلۀ خاصی رسیدیم. جلسات متعددی با فرماندهان نظامی در جبهه گذاشته شد که یک جلسۀ بسیار مهم در اهواز بود. آقای هاشمی در آن جلسه به‌عنوان فرمانده جنگ و من به‌عنوان رئیس ستاد قرارگاه خاتم‌الانبیا و رئیس پدافند هوایی حضور داشتم. آقای هاشمی از فرماندهان در مورد نیازهایشان و اینکه آیا می‌خواهند جنگ را ادامه دهند یا خیر، صحبت کردند. آن‌ها گفتند که ما می‌خواهیم جنگ را ادامه دهیم، ولی امکانات می‌خواهیم… بعد از آن جلسه، من و آقای هاشمی به تهران برگشتیم. تصمیم آقای هاشمی این بود که اگر امام قصد پایان جنگ را داشته باشد خودش به‌عنوان جانشین فرمانده کل قوا، آتش‌بس یا پذیرش قطعنامه را اعلام کند… به او گفتم اگر امام این پیشنهاد را بپذیرند، شما کار مهمی کرده‌اید.»
روحانی پس از جنگ پیشنهاد تصدی وزارت اطلاعات دولت سازندگی از طرف هاشمی را نمی‌پذیرد، اما مسئولیت دبیری شورای تازه‌تأسیس عالی امنیت ملی را قبول می‌کند و بدین‌ترتیب همکاری این دو ادامه می‌یابد.


همان‌گونه که پیش‌تر اشاره شد، با آمدن آقای روحانی به مرکز تحقیقات، تغییراتی جزئی‌ هم در ترکیب مدیران مرکز تحقیقات استراتژیک رخ داد. در پایان دورۀ دولت سازندگی، آقای هاشمی تصمیم می‌گیرد که مرکز تحقیقات استراتژیک را با ترکیب جدید، به‌عنوان بازوی مشورتی خود از دولت جدا کرده و به خود متصل کند. در سال 1375 با مصوبۀ شورای عالی اداری، مرکز تحقیقات استراتژیک از نهاد ریاست‌جمهوری منتزع و به مجمع تشخیص مصلحت نظام ملحق می‌گردد. بدین‌ترتیب دوره‌ای جدید از فعالیت‌های مرکز تحقیقات استراتژیک در ذیل مجمع آغاز می‌شود.
در این دورۀ جدید، اولاً ریاست مرکز با خود هاشمی است و ثانیاً ترکیب مدیران مرکز دستخوش تغییر می‌شود و مدیران چپ‌گرایی همچون حجاریان و بهزاد نبوی از مرکز جدا شده و جای خود را به تکنوکرات‌ها و افراد همسو با رئیس دولت سازندگی می‌دهند. در این مقطع هرچند اسماً ریاست مرکز با شخص هاشمی است، اما عملاً مدیریت مرکز در اختیار حسن روحانی قرار دارد که تحت‌عنوان قائم‌مقام ریاست مرکز فعالیت می‌کند.


البته شایان‌ ذکر است خاتمی که در مسند ریاست‌جمهوری قرار گرفته بود، تصمیم به تأسیس مرکز موازی در زیرمجموعۀ خود با نام «مرکز بررسی‌های استراتژیک» نمود که ریاست آن با محمدرضا تاجیک و بدنۀ آن عمدتاً از طیف چپ‌های مرکز تحقیقات بودند.


در این سال‌ها تغییروتحولات مکرر در مرکز تحقیقات استراتژیک، به‌تدریج به تسلط طیفی بر این مرکز انجامید که عمدتاً ویژگی‌های خاصی داشتند. اولاً عمدتاً دارای سابقه امنیتی بودند. ثانیاً در نگاه آنان محوریت دیپلماسی به چشم می‌خورد. در این مقطع قائم‌مقام مرکز، دکتر حسن روحانی، با حفظ سمت همچنان دبیر شورای عالی امنیت ملی بود و افراد نزدیک به او در مرکز تحقیقات استراتژیک و دبیرخانۀ شورای عالی امنیت ملی مسئولیت‌های مختلفی را در اختیار داشتند.